Les passagers et de l'équipage d'un avion sont tous retrouvés mort. On appelle donc le FBI, et plus précisément l'agent Olivia Dunham, elle apprend que cet événement serais lié à une série "d'accidents" à travers le monde qui seraient des expériences...

Le jugement dernier est arrivé. Skynet et ses machines ont pris le contrôle du monde et chasse les humains. Le monde est désertique, des factions forment la résistance aux machines, parmi eux, John Connors, que certains prennent pour un messie, d'autres...